战争结束后一周，哈曼?卡恩便以新吉恩的名号，展开了对各个side的占领，而另一方面，地球联邦军却无法做出抵抗，于是，一场战争迫在眉睫。
地球联邦方面，幽谷胜利之后，原先幽谷的领导人全部进入了地球联邦的领导层，其中尤为引人注意的是艾丽娅，她成为了地球联邦的新任外务大臣，并在立场上采取保守态势，主张与新吉恩进行和谈。然而，她这一和平的行为，事实上只是为了让新吉恩能够壮大，以致日后在与地球发生更大规模的战争时，能够购买阿纳海姆的ms。
原幽谷军官蕾娜斯?菲尼克斯，在最后一战中失踪，但事实上，她是被哈曼给“俘虏”了，只是，当哈曼俘虏她时，她却因为未知的精神原因而失去了记忆，现在只保持在十三岁孩子的心智上。她会如此，和卡缪?维达与希洛克的决战有关。因为被那两人强大的精神力连续两次进行精神污染，总是蕾娜斯的精神力极强，也发生了精神紊乱，导致了后遗症。