老去的永久。永久也提醒他们关于森林的事情。不久后，小智在森林遇到了时拉比穿越时空引起的“森林的声音”现象，并遇到了穿梭时空而来的雪成。
在永久和雪成的见面后，小智一行人得知了时拉比穿越时空的事情。之后小智一行人和雪成找到了受伤的时拉比。火箭队最强的干部比夏斯找到40年前追捕时拉比的那个猎人，从猎人那里得知了时拉比的下落，比夏斯随后对时拉比展开了抓捕行动。比夏斯不但有着强大的四脚机器人，还持有一种黑暗球，被该球捕捉到的宝可梦没有一个可以逃跑，并且会变得异常凶狠。
小智和雪成在救治时拉比的途中遭遇了比夏斯，在合作把比夏斯的宝可梦打败后，他们带着时拉比跑掉了。逃跑途中，一只圈圈熊突然出现，它和熊宝宝以及其它野生的宝可梦带着小智和他的朋友前进，最后来到了生命之湖前面，雪成将时拉比放进生命之湖后，时拉比的伤势痊愈了。
时拉比恢复后跟小智和他的朋友玩耍了起来，而小智也与雪成成了好朋友。一夜之后，小智他们再次遭遇比夏斯，时拉比被比夏斯的黑暗球抓住，变得凶暴化后在比夏斯的操纵下开始疯狂地破坏森林。